Nous sommes en 2552 et les hommes ont commencé la colonisation de la galaxie. L'empire planétaire est entré dans une guerre impitoyable contre une alliance d'aliens connue sous le nom de Covenant. L'évolution technologique des Covenants est bien supérieure à celle des humains et ceux-ci sont bien moins nombreux et moins puissants que leurs adversaires. Des planètes entières sont détruites et des billions d'êtres humains sont morts. Il ne faudra pas longtemps aux Covenants pour trouver la Terre, source et berceau de l'humanité, et la détruire.
La planète humaine la plus récemment découverte par la flotte des Covenants est "Reach", et compte 700 millions d'habitants. Les Covenants l'ont complètement éradiquée et seul un petit groupe d'humains, embarqués dans un vaisseau, le Pillar of Autumn, pu échapper à la tuerie en espérant ainsi éloigner les aliens de la planète Terre. Dans une manœuvre désespérée du commandant Jacob Keyes, l'équipage se retrouva à faire un saut spatial aveugle, sans savoir où ils allaient se retrouver.
Arrivés à destination, ils furent en face d'une planète alien artificielle d'une taille énorme, en orbite entre une planète gazeuse et sa Lune. Ils trouvèrent Halo, un anneau de 10 000 kilomètres de diamètre, avec une atmosphère respirable. Dans la partie intérieure de l'anneau se trouvent des océans, des continents ainsi qu'une faune et une flore variées. Une planète terraformée donc habitable !
Malheureusement, les Covenants (avec des vaisseaux plus performants) les avaient devancés sur Halo. La bataille qui suivit détruisit le Halo; en effet, pour éviter que les Covenants annihilent toute vie dans la galaxie et les galaxies proches en actionnant cette arme qu'est Halo, l'Adjudant, un soldat équipé d'une armure de nouvelle génération, se servit de son vaisseau inopérationnel mais ayant encore des moteurs thermonucléaires comme source d'explosif, pour le faire exploser et par la même occasion détruire l'immense structure spatiale de Halo. En attendant cette issue fatale, revenons au récit de l'arrivée du Pillar of Automn sur l'anneau. Le vaisseau se faisant attaquer par la force Covenante, une partie des rescapés réussirent à s'échapper et « atterrir » sur la surface de Halo. Sur ordre du Capitaine Keyes, le dernier homme survivant qui faisait partie du projet SPARTAN-II, l'Adjudant Master Chief, le mieux préparé à la guerre que les autres, fut sorti de son sommeil cryogénique. Master Chief, ou Spartan 117, commença alors une guérilla contre les Covenants, essayant de les empêcher de découvrir le secret de Halo.